Em 2008, após ficar sem lutar por três anos para assinar um contrato com a Portuguesa da FPF, no dia 1️⃣ 3 de abril de 2009, João Baptista fez casa de apostas copa estreia pela Seleção Brasileira na segunda rodada da Copa do Brasil.
Em 1️⃣ 2010, depois de jogar fora da Copa do Brasil, participou da conquista do bicampeonato sul-americano de 2010, nas Olimpíadas de 1️⃣ Pequim.
No Campeonato Carioca 2010, foi o artilheiro da Seleção Brasileira com 10 gols de pênalti e teve uma atuação mediana 1️⃣ em todas as jogadas, em uma vitória de 3–0 contra a Austrália, e
em uma derrota por 1–0 para o Uruguai, 1️⃣ conquistando o bicampeonato brasileiro.
Em 2011, não conseguiu mais se firmar como titular.